تأسس النادي سنة 1919 في مقهى بباب السويقة أخذ عنه اسمه، بمبادرة من محمد الزواوي والهادي القلال، وحصل على الترخيص الرسمي في 15 يناير 1919 تحت رئاسة الفرنسي لويس مونتاسيي التي فرضتها السلطات الاستعمارية. اقتصر النادي على اللاعبين المسلمين فأصبح رمزًا للهوية الوطنية التونسية. وفي سنة 1920 جلب الشاذلي زويتن الزي الأحمر والأصفر الذي صار لون النادي الرسمي. صعد الترجي إلى القسم الشرفي سنة 1936 وأحرز أول كأس تونس سنة 1939. وبعد الاستقلال برز ناديًا رائدًا بأسلوب لعب هجومي. وفي 1971 تعرض لعقوبة مؤقتة إثر أحداث نهائي الكأس. في عهد سليم شيبوب (1989-2004) فاز بأول دوري أبطال إفريقيا سنة 1994 وهيمن على البطولة المحلية. ومنذ 2007 وتحت رئاسة حمدي المؤدب حقق ثلاثية تاريخية سنة 2011، ثم لقبين قاريين متتاليين في 2018 و2019 قبيل مئويته.