في عهد الحماية الفرنسية، كانت الرياضة في باجة منظمة حسب الطوائف، إذ وُجد فريق للاعبين اليهود وآخر للإيطاليين، فبرزت فكرة إنشاء فريق للتونسيين المسلمين. كان المشروع جاهزاً منذ 1920 لكن سلطات الحماية اعترضت عليه، إلى أن أسس محمود المناكبي مع شخصيات أخرى الأولمبي الباجي عام 1929 بالألوان الأبيض والأسود والأحمر. صعد الفريق إلى الدرجة الأولى سنة 1985 وبقي فيها نحو عشرين عاماً. أحرز أول كأس تونس سنة 1993 على حساب مستقبل المرسى بركلات الترجيح بعد إقصاء الترجي في نصف النهائي، ثم فاز بكأس السوبر سنة 1995 أمام النادي الصفاقسي. شارك مرتين في كأس الكونفيدرالية الإفريقية، وخاض كأس العرب للأندية البطلة سنة 1999. هبط سنة 2005 ثم عاد سريعاً، وتوّج بكأس تونس سنة 2010 أمام النادي الصفاقسي، ثم بلقب ثالث سنة 2023 على حساب الترجي الرياضي. ومنذ 2014 يتنقل بين الرابطتين الأولى والثانية.