Le Stade gabésien voit le jour en 1957, peu après l'indépendance, par la fusion de trois clubs locaux : le Club sportif gabésien, l'Étoile sportive de Gabès et l'Union sportive de Gabès. Son premier président est Houssine Maghrebi. Pendant plusieurs décennies, l'équipe alterne entre la division nationale et les échelons inférieurs. Les années 1990 constituent une période noire qui la mène jusqu'à la division régionale en 2001. Grâce au soutien des dirigeants, d'hommes d'affaires et des supporters, le club remonte progressivement et remporte la Ligue II en 2006-2007, retrouvant l'élite après 23 ans, avant d'être relégué dès la saison suivante. Il revient en Ligue I en 2013. En 2015, il atteint pour la première fois la finale de la coupe de Tunisie, perdue face à l'Étoile sportive du Sahel, ce qui lui ouvre les portes de la coupe de la confédération 2016, où il échoue en barrages contre le TP Mazembe. Fragilisé par les dettes, le club évolue ensuite en Ligue II.